Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве...

На работу Ли Шэньшунь ходит в неприметной зеленоватой куртке, а чёрный пуленепробиваемый плащ надевает для дел позначительнее, чем подача напитков или уборка туалетов. Тогда Хэй становится Чёрным Синигами в белой маске и гоняется за такими же...